2014年1月1日，祥云县在2012年新农合一卡通试点工作取得成功的基础上，对41.5万参合农民发放一人一张电子《新型农村合作医疗卡》，取代之前的一户一本纸质《新型农村合作医疗证》，参合农民到医疗机构就诊将“持卡就医，刷卡报销”。

之前使用的《新型农村合作医疗证》全部为手工填制，使用过程中逐渐暴露出手工书写报销记录不规范、参合信息涂改严重、农民以户为单位持证就医不方便、换证成本高、借证看病发现难等缺点。目前，推行“以卡代证，刷卡报销”，要求定点医疗机构医院管理系统与新农合信息管理系统对接，开电子处方和使用电子病历，实现科学管理，一是减少手工操作的随意性，提高新农合服务的效率和质量；二是方便参合群众就医报销；三是规范了定点医疗机构医疗服务行为；四是确保了新农合报销的真实准确，对全县新农合基金安全和有效监管起到了重要作用。