2003年6月17日在顺应全国深化卫生改革的背景下，经云南省卫生厅批准，由云南省中医医院/云南中医学院第一附属医院（集团总医院）牵头成立了云南省中医医疗集团。十年来，在省委、省政府、卫生厅及省中医药管理局等上级部门的支持和指导下，以深化卫生体制改革为基点，以集团总医院为龙头，以管理、技术等合作为纽带，实现了相互促进、共同发展的目标。

十年的探索实践，成员单位由成立之初的78家增加到99家集团，占目前云南全省中医医院的81％，其中中医医疗机构91家、中西医结合医院1家、民族医院2家、医药研究院（所）3家、民营医院1家、民营制药企业1家，范围遍布全省16个州（市）80个县（区）。集团充分调动集团各成员单位的积极性、主动性和创造性，开展了大量卓有成效的工作。一是扎实开展重点专科专病建设，以总医院为核心，对基层中医医院做好专科协建，实现集团专科群的发展，目前集团共有5个专科被列为卫生部国家临床重点专科建设项目、8个专科通过国家中医药管理局“十一五”重点专科评审验收、10个专科被被列为国家中医药管理局“十二五”重点专科建设项目、5个专科被列为国家中医药管理局“十二五”重点专科培育项目名单、59重点专科及19个专病通过省中医药管理局评估验收。二是加强院内制剂调剂使用，筛选有效、安全的院内制剂在集团成员单位间调剂使用，带动专科及医院的整体发展，现共有集团总医院等11家成员单位的80个院内特色制剂在97家集团成员单位调剂使用，并有59个制剂纳入新型农村合作医疗补偿范围、57个制剂纳入省医保用药目录，促进我省中医药、民族医药的挖掘、继承和发展。三是做好服务“三农”工作，让人民群众感受中医药、认识中医药、受惠中医药，十年来选派400余人次深入基层开展巡回医疗、大型义诊活动40余次，义诊病人6000余人次，足迹遍及12个州（市）65个县（区）。四是强化人才培养，推行免收进修费等系列优惠政策，以长期进修、短期专科培训相结合的形式对专科人才进行培训。十年来举办国家级、省级继续医学教育项目47项，培训学员3500余人次，接受进修657人次，为部分医院科主任、护士长提供为期2周～2个月的短期专科培训。五是协助等级医院评审，发挥集团总医院专家荟萃的优势，在协助8家州（市）级中医医院评审通过三级中医医院后，分组、分区域选派专家对全省申报二级医院的52家县级中医医院进行了试评审，查找问题，指导整改。六是当好政府决策参谋助手，充分利用集团网络广、渠道宽和国家中医医疗质量监测中心云南分中心的优势，对集团各成员单位的发展状况和我省中医药事业发展的整体状况等进行调研，为政府各部门制定扶持和促进云南中医药事业发展的政策提供基础材料和建议。七是做好适宜技术推广、宣传交流、科研协作、普及中医药知识等任务。