2013年1-6月，云南省登革热防治项目在全省19个县区开展。项目监测媒介20次、实验室检测疑似病例20人份、检测健康人群病毒抗体水平300人份，调查和处置疫情9起、发放登革热防治宣传画和宣传折页各10000份，派出工作组督导3次。组织8个云南省重点地区乙脑防治项目县开展工作，先后派出2个工作组对8个项目县进行督导，协调和解决项目实施问题，指导开展健康教育、疫情处置及其疫苗接种等工作。派出1个工作组对景洪市和澜沧县开展乙脑防控督导。目前昭阳区、镇雄县、西畴县、广南县和富源县已将乙脑二类疫苗接种费用纳入新农合报销，景谷县、隆阳区和禄丰县县政府支持接种，有计划开展。

截至2013年6月，项目县一类疫苗接种率在95%以上，共计接种乙脑二类疫苗83391人份，2013年10月计划开始新一轮二类疫苗接种工作。