近年来，云南省卫生应急工作体系建设不断加强，“一案三制”（即：卫生应急预案和管理体制、机制、法制）建设取得突破性进展。
    一是卫生应急预案体系基本形成。在卫生应急实践中，全省卫生应急预案体系初步形成，并不断得以完善。在2006年制定的《云南省突发公共卫生事件应急预案》、《云南省突发公共事件医疗卫生救援应急预案》和省卫生厅制定的26个卫生专项预案的基础上，根据卫生应急工作需要进行了适时补充：先后制定了《云南省鼠疫控制应急预案》，《云南省抗旱救灾卫生应急预案（试行）》和《云南省洪涝泥石流灾害卫生应急预案（试行）》；组织修订了《云南省突发人间禽流感疫情处置预案》；起草了《云南省反恐怖袭击医疗卫生救援应急预案》、《云南省辐射事故处置预案》、《云南省突发公共事件心理救援应急预案》和《云南省流感大流行应急预案》，将尽快修定下发。各州（市）、县（区）卫生局及医疗卫生机构结合本地、本单位实际，也制定了相关卫生应急预案。全省卫生应急预案体系基本形成，为处置各类突发公共事件提供了卫生应急工作技术规范。
    二是卫生应急管理体制基本建立。目前，全省16个州（市）、129个县（市、区）卫生局均设立了应急办；省疾控中心、省地病所、省寄防所及部分州（市）、县疾控中心成立了处突中心；各级医疗机构也有专兼职机构负责卫生应急工作。统一领导、综合协调、分类管理、分级负责、条块结合、属地为主的卫生应急管理体制初步形成。
    三是卫生应急机制逐步建立健全。到2011年底，全省县（市、区）级以上医疗卫生机构对突发公共卫生事件和传染病疫情的网络直报率达100%，乡（镇）医疗卫生机构对传染病疫情的网络直报率达80.68%，基本实现了突发公共卫生事件和传染病疫情早发现、早报告、早处置。2008年以来，全省先后启动147个疾病预防控制体系建设项目、142个医疗救治体系建设项目和146个卫生监督能力建设项目，覆盖我省城乡地区、功能完善的疾病预防控制体系、医疗救治体系和卫生监督体系已基本建成，突发公共事件卫生应急能力得到明显提高。
    四是卫生应急法治建设稳步推进。全省卫生应急工作在国家《突发公共卫生事件应急条例》和《云南省突发公共卫生事件应急规定》的规范下，稳步推进。全省卫生部门利用每年“5.12”防灾救灾日组织大规模的《中华人民共和国突发事件应对法》宣传贯彻活动，使卫生应急法律法规得以广泛宣传。